部队自考科目结束后,一般需要等待一段时间才能办到毕业证书。具体的时间取决于各个学校和部队的安排。一般情况下,学校会进行成绩审核毕业论文评审等程序,然后进行毕业证书的制作和发放。这个过程可能需要几个月的时间。建议您咨询所在学校或部队的教育部门,了解具体的办理时间和流程。