可以。农村自建房补办房产证的流程:
1、申请人带上本人的身份证原件和复印件各一份,到当地的房管所办理房产证遗失登记,如果委托别人办理的,需要提供一份经过公证的《授权委托书》,并且要提交遗失补办房产证的书面申请。
2、房产档案馆查阅相关档案并且出具房产权属证明。
3、到当地房管所指定的地方刊登原房产证遗失作废申明。